Nel 1294 Carlo II D'Angiò donò Segine (antico nome di Acaya) a Gervaso di Acaya, valoroso capitano, la cui famiglia la possedette per tre secoli. Nel 1506 Alfonso di Acaya costruì il nucleo più antico del Castello; suo figlio Giangiacomo nel 1535 la fece cingere di mura, fece fortificare il castello con baluardi, bastioni e fossato e diede al villaggio un piano urbanistico.
Morto Giangiacomo nel 1575, il feudo di Acaya passò al Regio Fisco e successivamente, nel 1608, ad Alessandro De Montibus che la fortificò ulteriormente per timore delle incursioni turche.
Verso la fine del del secolo XVII, estintosi il ramo principale della famiglia De Montibus, il feudo tornò alla Corte Regia che nel 1688 lo vendette ai De Montibus-Sanfelice i quali, nello stesso anno lo vendettero ai Vernazza. I Vernazza fortunatamente non lo modificarono e passò così indenne attraverso il baroco conservando la sua struttura tipica di rocca rinascimentale. A poco a poco il castello fu trascurato e abbandonato. Dai Vernazza fu venduto alla famiglia Onofrio Scarciglia da Lecce e poi alla famiglia Rugge. Per ultimo è stato acquistato dall'Amministrazione Provinciale di Lecce.
Nel corso della ristrutturazione del Castello di Acaya, dal lato nord dell'antico maniero sono affiorate le tracce di una costruzione di epoca medioevale poi rivelatasi una piccola chiesa bizantina e sotto di essa alcune sepoltura purtroppo già violate. Sui muri della chiesa sono anche apparsi i resti di un affresco in stile bizantino.
Il 25 gennaio 2001, durante gli scavi a pochi metri dalle mura, in prossimità delle scuderia, sono state riportate alla luce una serie di tombe, fosse comuni e cunicoli. Nella prima fossa aperta stavano uno a fianco all'altro quattro teschi ed altre ossa umane che appartennero probabilmente a uomini di età compresa tra i 25 e 30 anni. Negli spazi adiacenti ancora ossa del bacino e degli arti inferiori di una persona molto alta. Elemento interessante emerso dal sopraluogo dei tecnici della Soprintendenza di Bari diretti dall'architetto Antonio Bramato è che le sepolture avvennero contestualmente. Dunque se saranno ritrovate altre tumulazioni collettive sarà legittimo supporre che siano di soldati caduti in una delle cruente battaglie che fra il 1200 ed 1300 tormentarono la zona, un tempo detta Segine. A riguardo gli esperti hanno effettuato dei prelievi per determinare data e cause dei decessi. Si avanza già l'ipotesi di decapitazioni di massa. Altro aspetto affascinante' della odierna scoperta la possibilit, una volta resi agibili gli accesi che risultano murati, di esplorare i cunicoli e di portare alla luce nuovi indizi magari decisivi per comprendere meglio i misteri del castello che fu del barone Giangiacomo dell'Acaya.
Dormitio Virginis
Durante i lavori di restauro del castello è stato ritrovato un affresco all'interno di una intercapedine. Si tratta della Dormitio Virginis databile alla seconda metà del 1300, estesa circa quattro metri per tre. La raffigurazione, perfettamente conservata, rappresenta gli Apostoli che assistono la morte della Vergine e Gesù che ne raccoglie l'Anima e la presenta al Padre, secondo la tradizione iconografica che fa riferimento ai Vangeli apocrifi.